Начало XVII века для обители оказалось неблагоприятным. Сперва Россию постигли неурожаи и голод, а затем наступили тяжкие времена царствования Василия Иоанновича Шуйского и междуцарствия. В 1609 - 1610 годах близлежащие к монастырю селигерские земли и сам монастырь подверглись литовскому нашествию и разорению. При кончине первого настоятеля, последовавшей 22 февраля 1614 года, Нилова пустынь от неурожаев и грабежей совершенно не имела средств к существованию. В это время в ней были одна деревянная церковь, часовня с гробницей преподобного Нила, колокольня - «столб дубовый» с пятью малыми колоколами, шесть деревянных келий и житница. Образов в иконостасах было весьма мало, и те без окладов, богослужебные книги в основном рукописные и при этом только самые необходимые, а сосуды церковные - оловянные.

Но почти с самого основания монастыря под руководством настоятеля воспитывался достойный ему преемник, которому и суждено было впоследствии привести обитель в благоустроенное состояние, обеспечив ее содержание на будущее время. Это был незабвенный для монастыря инок Нектарий (Теляшин) - сын одного богобоязненного крестьянина Патриаршей Осташковской слободы. Он родился в 1586 году и еще в детстве поступил в обитель преподобного Нила, где, после двухлетнего обучения чтению, письму, закону Божию и правилам иноческой жизни, в первых годах XVII столетия принял пострижение, а впоследствии и рукоположение в священный сан иеромонаха.

Несмотря на свои молодые годы, иеромонах Нектарий настолько созрел духовно, что по смерти своего наставника и основателя обители - преподобного Германа, мог принять на себя тяжелое бремя управления монастырем. Своими благоразумными распоряжениями, своим умом и благочестивой подвижнической жизнью он обратил на себя и на обитель внимание новгородских архипастырей, боярина князя Б.М. Лыкова, в вотчине которого находился монастырь, и некоторых других знаменитых особ духовных и светских. Среди них были митрополит Ростовский Варлаам II, преп. Дионисий, архимандрит Троице-Сергиевой Лавры, князья А.Н. Трубецкой и Д.М. Пожарский, бояре С.В. Котловский и И.Н. Романов и другие важные лица. Все они оказывали монастырю разного рода благотворения. Митрополит Новгородский Макарий в 1620 году возвел настоятеля о. Нектария в сан игумена, а обитель освободил от взноса церковной дани. Боярин Лыков даровал монастырю соседний остров Городомля и полуостров Святица (ныне Светлица), рыбную ловлю на Селигере, небольшую ругу хлебом, деньгами и церковной утварью и до конца своей жизни всячески покровительствовал монастырю.

Отец Нектарий, снискавший себе всеобщий почет и уважение, обратил на себя особое внимание и Царя Михаила Феодоровича, который благоволил ежегодно отпускать из своих царских доходов в монастырь некоторое количество хлеба, денег и съестных припасов. Эта царская руга была удержана за монастырем во все дальнейшие годы его существования. В 1636 году игумен Нектарий был посвящен в архиерейский сан и возведен на кафедру Архиепископа Сибирского и Тобольского, хотя не искал и не желал этого. Через три года, повинуясь завещанию своего духовного отца и наставника - преп. Германа, который заповедовал ему не покидать монастырь, и своему внутреннему влечению в мирную обитель, святитель Нектарий по собственному прошению был отпущен в Нилову пустынь. «Како мне забыти, - писал он по этому поводу в 1639 году к одному из сановников Царя Михаила Феодоровича, - труды и раны, и глад, и жажду, и наготу, и босоту? И до смерти мне надобно помнить: какова милость Божия надо мною грешным была в Пустыни, и что мы кушали: вместо хлеба траву папорть и кислицу, ухлевник и дягиль, и дубовые желуди, и дятлевину, и с древес сосновых кору отымали и сушили и, с рыбою смешав, вместе истолкши, а гладом не уморил нас Бог?» Возвратившись обратно, святитель Нектарий через некоторое время опять принял монастырь в свое управление. После этого внимание царственных особ, государственных сановников и разных благотворителей к Ниловой пустыни усугубилось.

При таких благоприятных условиях святитель постепенно построил новые и обновил старые здания монастыря. В 1622 году была возведена вторая деревянная пятиглавая церковь Покрова Пресвятой Богородицы. А вместо сгоревшей церкви Богоявления Господня построена около 1635 года новая, на месте часовни, что над гробницей преподобного Нила. Святитель устроил больничные и гостиные кельи, обнес монастырь оградой, а над воротами поставил новую восьмистенную колокольню, на которой были установлены часы с боем.

Им были заведены на Столобном острове два яблоневых сада в 500 деревьев и хлебопашество на ближних пустошах, а также построены две водяные мукомольные мельницы на речках Сороге и Сиговке. В правление святителя Нектария значительно пополнилась ризница обители. В Осташкове, а позднее в Новгороде и Москве открылись монастырские подворья.

Но особенно настоятель заботился о духовном росте братии монастыря. Для этого он собрал немалую по тем временам библиотеку, состоящую из книг преимущественно душеполезного содержания. Не упускал он удобного случая назидать братию как словом, так и примером своей строгой подвижнической жизни. Управляя Тобольской епархией, Архиепископ Нектарий прислал в монастырь вместе с книгой «Синодик» увещание братии проводить жизнь в трудах, посте, целомудрии и сокрушенных молитвах. Это увещание и по смерти его служило инокам и послушникам хорошим напоминанием о христианских и монашеских обязанностях. Святитель строго заповедовал неуклонно соблюдать общежительный устав, который составляет главную основу для всех добрых порядков монастыря, а также всячески воздерживаться от употребления вина, повелев при этом изгонять из обители нарушающих это строгое предписание.

Труды Владыки Нектария по созиданию монастырской жизни оказались весьма благотворны как для самой обители, так и для всей Русской Церкви. Нилова пустынь, помимо зданий и храмов, со временем украсилась еще и иноками подвижнической, добродетельной жизни, которые впоследствии возводились на должности настоятелей монастырей в разных городах России, а некоторые из них удостоились получения высшей почести - архиерейского сана.