• 1528 год – Приход Преподобного Нила Столобенского на остров Столобный
  • 1555 год – Преставление Преподобного Нила
  • 1560 год – Возведение первой часовни на месте подвигов Преподобного
  • 1594 год – Возведение первого деревянного храма Богоявления Господня на острове Столобный
  • 1594 год – Благословение святителя Иова на основание монастыря Нилова пустынь
  • 1595 год – Написание первого иконописного образа Преподобного Нила Столобенского
  • 1598 год – Составление жития Преподобного Нила
  • 1610 год – Разорение обители при литовском нашествии
  • 1620 год – Возведение в сан игумена настоятеля обители монаха Нектария
  • 1622 год – Начало строительства храма Покрова Пресвятой Богородицы
  • 1635 год – Возведение нового деревянного храма Богоявления на месте сгоревшего первого
  • 1636 год – Возведение игумена Нектария в сан архиепископа Сибирского и Тобольского 
  • 1665 год – Пожар в монастыре уничтожает все строения обители
  • 1667 год – Преставление игумена обители свт. Нектария
  • 1667 год – Обретение святых мощей Преподобного Нила Столобенского
  • 1669 год – Возведение первых каменных строений на острове
  • 1671 год – Начало строительства первого каменного Богоявленского собора
  • 1671 год – Перенесение св. мощей Преподобного в Богоявленский собор
  • 1700 год – Возведение храма Преподобного Нила (позднее храм Всех Святых)
  • 1755 год – Возведение надвратного храма Преподобного Нила Столобенского
  • 1756 год – Общецерковное прославление Преподобного Нила Столобенского
  • 1764 год - Возведение надвратного храма св. апп. Петра и Павла
  • 1781 год – Возведение храма св. Иоанна Предтечи
  • 1788 год – Возведение Крестовоздвиженского храма
  • 1820 год – Посещение обители Императором Александром I
  • 1833 год – Возведение нового каменного Богоявленского собора
  • 1838 год – Реконструкция строений соборного двора
  • 1851 год – Сооружение гранитной набережной вокруг острова Столобный
  • 1919 год – Кощунственное вскрытие святых мощей Преподобного Нила
  • 1928 год – Последнее богослужение. Закрытие монастыря 
  • 1928 год – В монастыре организована колония для несовершеннолетних
  • 1939 год – В монастыре организован лагерь для польских военнопленных
  • 1941 год – В монастыре организован военный госпиталь 3-ей ударной армии
  • 1945 год – В монастыре организована колония для несовершеннолетних
  • 1960 год - В монастыре организован дом престарелых
  • 1971 год – В уцелевших монастырских зданиях открыта турбаза «Рассвет»
  • 1990 год – Решением Совета министров РСФСР комплекс Нило-Столобенской пустыни передан в пользование  Русской Православной Церкви
  • 1991 год – Архиепископ Тверской и Кашинский Виктор совершает первую Литургию в Благовещенском приделе Богоявленского собора обители
  • 1994 год – Торжественно отмечается дата 400-летия со дня основания обители
  • 1995 год – Торжественное перенесение Патриархом Алексием II святых мощей Преподобного Нила Столобенского из Осташкова в Нило-Столобенскую пустынь
  • 2000 год – Прославление в числе новомучеников Российских пострижеников Ниловой пустыни: преподобномучеников Виталия, Дионисия и Павла.
  • 2003 год – Обретение мощей святителя Нектария, игумена Столобенского
  • 2005 год – Празднование 450-летия преставления Преподобного Нила Столобенского
  • 2010 год – Преставление первого наместника возрожденной обители архимандрита Вассиана (Шуста), назначение наместником монастыря архимандрита Аркадия (Губанова)
  • 2017 год - Празднование 350-летия обретения мощей преподобного Нила и 25-летие возрождения монастыря