После обретения святых мощей преподобного Нила благоволение к монастырю царственных особ и государственных сановников вплоть до начала следующего столетия по-прежнему не уменьшалось. Благодаря богатым вкладам в казну монастыря и всевозможным пожертвованиям, задуманное святителем Нектарием возведение каменных зданий продолжалось его преемниками успешно. Но в начале XVIII века, в связи с новой государственной политикой по отношению к Церкви, монастыри попали в стесненные условия и не могли свободно развиваться. Строительство в Ниловой пустыни замедлилось, а число насельников сократилось.

1756 год ознаменовался радостным для монастыря событием. По благословению Св. Синода совершилось общецерковное прославление преподобного Нила Столобенского. Его имя поместили в святцах наравне с прочими святыми. Службу преподобному Нилу с этого времени стали печатать в богослужебных книгах. А житие, сокращенно изложенное в Прологе, внесли в том же виде в Четьи-Минеи. В том же году грамотой епархиального архиерея было разрешено ежегодно в праздник обретения святых мощей преподобного Нила крестным ходом обносить их вокруг монастыря, к чему впоследствии присоединился и крестный ход из Осташкова. Довершил прославление святого осташковский протоиерей Андрей Колоколов, написавший ему акафист.